La Fédération CJA entre dans une nouvelle ère en 1999, avec la rénovation de son cœur stratégique, la Maison Cummings. Parmi les nouvelles installations figurent une Bibliothèque publique juive rénovée et le Centre de conférences Gelber, puis en 2003, un musée de classe mondiale voué à préserver la mémoire de l’Holocauste et à diffuser des valeurs de tolérance. Tous les ans, des milliers d’élèves et d’étudiants visitent le musée. En 2006, afin de répondre aux besoins de l’une des communautés juives nord-américaines à la croissance la plus rapide, la Fédération CJA inaugure une nouvelle division dans le secteur Westpark de Dollard-des-Ormeaux. La décennie est également marquée par la mise sur pied de nombreux programmes visant à consolider la communauté juive de Montréal et même au-delà. Parmi eux, on compte notamment Opération Montréal et Taglit-Birthright Israel.